Myrdal ist der Sohn des Ökonomen Gunnar Myrdal und dessen Ehefrau, der Soziologin Alva Myrdal. Sissela Bok und Kaj Fölster sind seine beiden Schwestern.
1946 beschreibt Myrdal in seinem Roman Pubertet die Selbstfindung und Entwicklung eines Jugendlichen zum Erwachsenen. Einerseits wegen seines Stils, wohl aber auch um seinen Eltern nicht zu schaden, wurde dieses Manuskript damals nicht publiziert.
Im Frühjahr 1961 ging Myrdal für ein Jahr in die Volksrepublik China und bereiste das Land. In seinen Reportagen solidarisierte er sich bald mit Mao Zedong und seiner Politik.
Zwischen 1963 und 1966 war Myrdal mit seinen regelmäßigen Kolumnen maßgeblich am Feuilleton der Zeitung Stockholm Tidningen beteiligt. Mit seinen Büchern über Länder, die er bereiste, konnte sich Myrdal weltweit einen Namen machen, wiewohl er sich durch seine politischen Aussagen darin viele Feinde machte.
Myrdal stellt sich in seinem Selbstverständnis immer auf die Seite der „kleinen Leute“ und kritisierte den Eurozentrismus. Jan Myrdal war mit der 2007 verstorbenen Gun Kessle verheiratet und hatte mit ihr eine Tochter und einen Sohn.
1980 verlieh ihm das Upsala College, N.J. die Ehrendoktorwürde.
